بإستخدام البرامج مغلقة المصدر فإنك تعرض مؤسستك للوقوع في قبضة الشركات المصنعة لتك البرامج. مما يجعل مؤسستك تعتمد إعتماد كلي على الشركات المصنعة للبرامج مغلقة المصدر، و ا لإنصياع لأي قوانين قد تفرضها تلك الشركات على مؤسستك. من المشاكل التي قد تقع فيها عند الإعتماد على البرامج مغلقة المصدر:

• البرامج مغلقة المصدر دائما تحفظ الملفات بصيغة مغلقة مما يجل نقل البيانات إلى برنامج آخر شبه مستحيلة.
• البرامج مغلقة المصدر تجبرك على استخدام أنظمة معينة أو عتاد معين كما هو الحال في معظم برامج ويندوز.
• تجبرك البرامج مغلقة المصدر على توقيع إتفاقيات استخدام معنية، قد تجبرك على دفع تكلفة الدعم حتى لو لم تحتاجة.
• يتم إجبار العميل على الدفع لكل عملية ترقية أو تحديث عن استخدام البرامج مغلقة المصدر.
• عدم إمكانية استخدام البرامج مغلقة المصدر مع برامج أخرى، وذلك لصعوبة ربطها.

بإختيارك للبرامج مفتوحة المصدر، فإنك تحمي نفسك من الإعتمادية الكلية على الشركات المصنعة للبرامج، و بالتالي الإستفادة من الأنظمة الموجوده لديك. فكرة البرامج المفتوحة، تمكنك من الحصول على شفرة البرنامج مع ترخيص بإستخدامه. بحيث يمكنك الحصول على شفرة البرنامج و التعديل عليها إن لزم الأمر، و من ثم استخدامها من دون أية قيود.

بهذه الطريقة تستطيع الإطلاع على جميع أجزاء البرنامج. بالتالي تستطيع نقل بيانات في أي وقت تريد، ولن تقع في مشكلة أن البيانات تم حفظها بطريقة غير معروفة لك. علاوة على ذلك، مع البرامج مفتوحة المصدر لست مجبرواً على التوقيع على إتفاقيات استخدام مع العلم أنها في البرامج مفتوحة المصدر تكون إختيارية في حال أردت استخدام الدعم الفني. مما يوفر عليك الكثير.